Фільм заснований на реальних подіях в період японо-китайської війни. Головний герой, американський трунар Джон, прямує в католицьку церкву в Нанкіні, щоби підготувати священика до похорону. По прибуттю він опиняється в епіцентрі воєнних дій єдиним чоловіком серед учениць монастиря та повій з сусіднього борделя. Джон видає себе за священика та намагається врятувати обидві групи від жахів війни.
У грудні 1937 року в місто Нанкін вступили японські загарбники. Багато солдат «Гоміньдана» покинули місто, але багато хто не бажали здаватися, залишилися в місті й розгорнули сильний опір. Сотні тисяч людей загинули, перетворивши Нанкін у місто смерті. Залишилася можливість жити тільки в одному місці — «безпечна зона» у жіночій школі Цзиньлін. Там китайські жінки вкривали й рятували чоловіків.
Оповідь трагедії у Нанкіні, одну з найтрагічніших подій в історії. У 1937 році японська армія вбила понад 200 000 і зґвалтувала десятки тисяч китайців. Посеред цього жаху невелика група західних емігрантів об'єдналася, щоб врятувати 250 000. Нанкін показує, який величезний вплив можуть мати окремі люди на хід історії.
