'Godzilla: King of Monsters' volgt de heldhaftige pogingen van het crypto-zoölogische agentschap, Monarch genaamd, dat het opneemt tegen een reeks reusachtige monsters. Onder hen bevinden zich de machtige Godzilla, Mothra, Rodan en de aartsvijand, de driekoppige King Godirah.
Ryota steelt een boot om op zoek te gaan naar zijn vermiste broer. Tijdens de zeereis wordt het schip aangevallen door een verschrikkelijk gigantisch wezen, Ebirah. Nadat hij op het eiland Letchi is geland, ontdekt hij dat Mothra, een ander monster, hem misschien kan stoppen. In werkelijkheid heeft Mothra versterking nodig en Ryota zal er alles aan doen om Godzilla wakker te maken...
Nadat een orkaan Tokio heeft getroffen, spoelt er een gigantisch ei aan. Het is een ei van het monster Mothra. Mothra stuurt zijn vrouwelijke dienaars naar Tokio om te vragen of ze het ei terug mogen nemen naar zijn oorspronkelijke plaats. Maar de op geld beluste investeerders weigeren. Wanneer wat later Godzilla ontwaakt en blijkt dat enkel Mothra weerstand kan bieden, weigert het monster als weerwraak. Ondertussen vernietigt Godzilla Tokio...
Aliens hebben alle monsters van het beruchte Monster Island vrijgelaten en maken van hun uitzonderlijke krachten gebruik om alle grote wereldsteden te vernietigen. Alleen het super-geheime ruimteschip X2 kan de aliens vernietigen en Godzilla, Rodan, Mothra, Angilas en Minya weer gevangen nemen.
