공군 특수 비행팀 블랙이글스의 조종사 태훈은 에어쇼에서 금지 비행 기술인 제로노트를 감행하다 행사를 난장판으로 만들고, 팀에서 퇴출당한다. 대서가 편대장으로 있는 21전투비행단으로 이적된 태훈은 동기생 유진과 후배 석현을 만나 차츰 적응해가지만, 비행단 내 탑건으로 불리는 철희와는 사사건건 부딪힌다. 두 사람의 명예를 건 F15K 비행 대결에서 생애 처음으로 패배를 맛본 태훈은, 정비대대 최고의 에이스 정비사 세영과 팀을 이뤄 보라매 공중사격대회에서 자존심을 회복하고자 한다. 남북간에 평화 분위기가 무르익고 있던 어느날, 귀순을 가장한 적기 한대가 서울까지 내려와 초계비행중인 21 전투비행단과 예상치 못한 교전을 벌이게 된다. 엄청난 대가를 치루며 평화를 지켜내지만, 이는 한반도 전체를 위협하는 거대한 음모의 시작이었을뿐. 이에 21 전투비행단은 최후의 비공식작전 리턴투베이스를 개시하는데…
국방부 군수본부 항공부품구매과 과장으로 부임한 박대익 중령(김상경)에게 어느 날, 공군 전투기 파일럿 강영우 대위가 찾아와 전투기 부품 공급 업체 선정에 대한 의혹을 제기한다. 이에 대익이 부품구매 서류를 확인하던 중 유독 미국의 에어스타 부품만이 공급되고 있음을 발견한다. 한편 강영우 대위가 전투기 추락 사고를 당하고, 이를 조종사 과실로 만들어 사건을 은폐하는 과정을 지켜본 대익은 큰 충격을 받는다. 그리고 은밀한 뒷조사 끝에 차세대 전투기 도입에 관한 에어스타와 연계된 미 펜타곤과 국방부 간에 진행되고 있는 모종의 계약을 알게 된다. 딸에게만큼은 세상에서 가장 바보 같지만 세상에서 제일 용감한 군인으로 남고 싶은 대익은 [PD25시]의 기자 김정숙(김옥빈)과 손잡고 국익이라는 미명으로 군복 뒤에 숨은 도둑들의 만행을 폭로하기로 결심하는 데… 그들이 시작한 전쟁, 절대로 항복하지 않을 것이다!
6ㆍ25 전쟁이 한창이던 1952년 공군 강릉지구에 배대봉 중위(최무룡) 등 신입 조종사들이 전입해온다. 별명이 산돼지인 교관 나관중 소령(신영균)의 지도 하에 배 중위 등은 조종사로 성장해간다. 어느날 배 중위는 나 소령로부터, 나 소령의 동료였던 노도순(남궁원)의 미망인 아내 지선(최은희)를 소개받고 지선에게 사랑을 느낀다. 노도순이 전사한 후 지선을 돌보아왔던 나 소령는 지선과 배 중위의 새로운 사랑을 진심으로 축하해준다. 지선과 배 중위가 결혼한 지 얼마 후, 조종사들은 미국도 성공하지 못한 임무를 수행하러 나간다. 이 작전에서 배 중위는 노도순이 죽었던 것과 똑같은 상황에 처하지만 가까스로 구출된다. 그러나 나 소령는 작전을 성공시키고 전사한다.
1920년, 미국 캘리포니아. 이곳에 세계최초로 전투비행학교 윌로우스가 세워진다. 조국을 잃고 세계 각국에 흩어져 독립운동을 하던 조선의 민족 지도자들은 당대 미국에서 최고의 부를 누리며 쌀의 왕으로 군림하던 김종림 선생의 도움을 얻어 전투비행학교를 설립한다. 일본 천황궁 폭파를 목적으로. 이를 통해 조국의 독립을 꾀하겠다는 열망으로. 그리고 이곳에 한인 최초의 전투비행사들이 찾아온다. 각기 다른 사연과 슬픔을 안고 윌로우스를 찾은 사람들. 혹독한 훈련 과정 속에서 서서히 전투 비행요원의 모습으로 성장해 간다. 그러던 어느날 이들에게 조국을 위해 목숨을 바칠 마지막 기회가 찾아온다. 그리고 이들에게 주어진 천황궁 폭파 임무. 그러나 윌로우스 내의 스파이로 인해 이들의 계획은 무산되고 만다. 결국 김자중을 비롯한 비행사들은 최후의 방법을 선택하게 되고. 빼앗긴 조국의 하늘을 향해 김자중의 마지막 비행이 시작된다.
