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ハロウィンが近づくころから、ナーバスになっていたローリー（スカウト・テイラー＝コンプトン）。そんなときにルーミス医師（マルコム・マクダウェル）の本が発売され、自分が殺人鬼マイケル・マイヤーズ（タイラー・メイン）の妹だと知ってしまう。やけになったローリーは家を飛び出すが、マイケルが再び現れ……。

1891年のロンドン。若い女性が次々と誘拐され、儀式を思わせる不気味な手口で殺されてしまう。私立探偵ホームズと相棒ワトソンはスコットランド・ヤードと連携し、邪悪な黒魔術を操る犯人、ブラックウッド卿を逮捕。だがブラックウッド卿は死刑の直前、すぐに復活すると言い残す。その後ブラックウッド卿が甦ったとの報せがホームズたちに届いたのに続き、世界征服をめざすブラックウッド卿は、ある秘密組織を乗っ取っていた。

ルーブル美術館の館長が殺され、宗教象徴学の権威ラングドン教授に捜査協力が依頼される。遺体はダ・ヴィンチの素描「ウィトルウィウス的人体図」を模した姿勢を取らされ、周囲には暗号が記されていた。担当のファーシュ警部は、暗号が“ラングドンを捜せ”と示していたことから教授を疑うが、館長の孫ソフィーは教授の無実を信じ、彼を現場から逃がす。2人は警察に追われながら、暗号の真意と真犯人を捜し始める。