סוכן ה-איי-אם-אף, איתן האנט, מואשם בהתקפת הטרור של הקרמלין, ויחד עם שאר חברי הסוכנות, נאלצים להתמודד עם הכרזת הנשיא על ״קוד הצללים״. ללא משאבים וגיבוי ממשלתי, הסוכן איתן האנט חייב למצוא דרך לטהר את שם הסוכנות ולמנוע התקפה נוספת. על מנת לסבך את העניינים אף יותר, איתן נדרש לצאת למשימה עם צוות של סוכנים מבוקשים של ה-איי-אם-אף אשר מניעיהם האישיים לא לגמרי ברורים לו.
רימייק לסיטקום מצליח משנות ה-60 של מל ברוקס. תפקידו של הארגון החשאי "קונטרול" הוא להגן על העולם מפני מזימות ארגון הרשע "כאוס" שבראשו עומד זיגפריד. אבל כש-"קונטרול" נמצא בסכנה גדולה, לראש הארגון אין ברירה אלא לקדם את האנליסט החנון המתלהב שלו ולהפוך אותו לסוכן שטח. זהו סוכן מס' 86, שעושה יותר נזקים לעצמו מאשר לאויביו. הוא מצטרף לסוכן מס' 23 ולסוכנת מס' 99 היפיפייה ויחד הם מנסים להציל את העולם.
בג'ונגלים של אקוודור, המים מהולים בדם. תאגיד בינלאומי מפלצתי ומשטר צבאי צמא דם חוברים יחד כאשר התוצאה הסופית היא טבח. רק המורד פרנסיסקו פרנסיס (פורסט ויטיקר) ואשתו העיקשת (אווה לונגוריה) יכולים להוכיח את אשר קרה...את האמת. בגלל רצון לסגור חוב אישי ישן, נכן ה-CIA לשעבר, ג'ק בגוסיאן (אנדי גרסיה) על ידי ארגוניים חושפי שחיתות בכדי להציל את פרנסיסקו ולסכן את הכל, בקרב ברוטלי, על מנת לחשוף את הטיוח.
