Un home amnèsic és rescatat per la tripulació d'un vaixell pesquer italià quan sura la deriva al mar. Manca d'identitat i de passat, però té una sèrie de talents extraordinaris en arts lingüístiques, marcials i d'autodefensa que suggereixen una professió de risc. Confús i desorientat, emprèn una recerca frenètica per descobrir qui és i per què la seva vida ha pres un gir tan perillós.
Tercera i última entrega de les aventures de l'agent Jason Bourne, que continua investigant qui és i què hi ha realment al darrere d'un programa secret de la CIA. Un periodista britànic del 'Guardian' li ofereix una nova pista a través d'un home anomenat Blackbriar. Bourne el troba a Londres i mirarà d'encaixar les últimes peces del seu passat, que tant li costa de recuperar.
El 1979, els seguidors de l'aiatol·là Khomeini assalten l'ambaixada dels Estats Units a Teheran i agafen els funcionaris com a ostatges. Però un grup de sis funcionaris aconsegueix escapar-se i refugiar-se a la residència de l'ambaixador canadenc, que és l'únic que els ofereix refugi. El problema que es planteja a continuació a les autoritats americanes és com rescatar aquests sis funcionaris i treure'ls del país sense despertar les ires dels Guàrdies Revolucionaris, que podrien agafar represàlies contra els ostatges. Un expert en rescats de la CIA proposa una solució que sembla una autèntica bogeria, fer-los passar per cineastes que busquen localitzacions a Teheran. La idea, primer descartada per grotesca, acaba sent l'única possibilitat de treure'ls amb vida.
La CIA comença a sospitar que l'expert agent Cross (Burt Lancaster) és, en realitat, un traïdor que treballa per al KGB. Es decideix, llavors, eliminar-ho, però el pla falla i Cross aconsegueix escapar a Europa. Així doncs, l'agència contracta un jove assassí francès anomenat Scorpio (Alain Delon) perquè acabi amb Cross. S'inicia així una frenètica caça humana.
